Die Geschichte von Libra of Nil Admirari spielt in der Taisho-Ära, zu Beginn des 20. Jahrhunderts – die jedoch nicht wie im realen Leben nach 15 Jahren endete, sondern 25 Jahre andauerte. Um ihre in Ungnade gefallene Familie zu schützen, entscheidet sich die Tochter der Familie, einen Mann zu heiraten, dessen Namen sie nicht einmal kennt. Doch noch bevor es zu ihrer Heirat kommt, begeht ihr kleiner Bruder, inmitten eines seltsamen Feuers Selbstmord – in seinen Händen, ein altes Buch.Kurze Zeit später erscheint vor Tsumugi, so der Name des Mädchens, eine seltsame Organisation namens „Fukurou“ und erzählt ihr, dass es mehrere Bücher, auch Maremono genannt, gibt, welche einen großen Einfluss auf diejenigen ausüben, die es lesen. Das ist aber längst nicht alles, denn seit dem Vorfall mit ihrem Bruder, besitzt Tsumugi die Fähigkeit, die Aura ihres verstorbenen Bruders zu sehen. Obwohl all dies sie ziemlich verwirrt zurücklässt, entscheidet sie sich, ihrem bisherigen Leben den Rücken zu kehren.