Eines Tages begann der Meeresspiegel auf der ganzen Welt plötzlich dramatisch anzusteigen und die niedrig gelegenen Küstengebiete versanken mitsamt ihrer großen Städte in den erbarmungslosen Fluten, die selbst viele Jahre später noch wüten. Den genauen Grund dafür kennt bis heute zwar niemand, aber die Menschheit musste sich wohl oder übel darauf einstellen, auf dieser jetzt nun viel blaueren Erde zu leben.Der 17-jährige Oberschüler Natsuki Ikaruga hat in seiner Kindheit bei einem Gebäudeeinsturz seine Mutter und sein Bein verloren und bis vor kurzem an einer fortschrittlichen Akademie in der Großstadt studiert. Jetzt sieht er sich allerdings dazu gezwungen, die Schule zu verlassen und in seine alte Heimatstadt zurückzukehren, in der kaum noch etwas übrig ist. Das alte Landhaus der Familie ist hinfort geschwemmt worden, und das Einzige, was die Fluten nicht vernichtet haben, ist das Schiff und U-Boot seiner Großmutter, die früher als Ozeanologin tätig war – sowie ihre Schulden.Zusammen mit der Schuldeneintreiberin Catherine begibt er sich nun auf die Suche nach einem Schatz in den Ruinen des Labors seiner Großmutter, doch anstatt Reichtümern gibt es dort nur einen Sarg, in dem ein mysteriöses Mädchen tief unter der Wasseroberfläche zu schlafen scheint. Ihr Name ist Atri, und aus Dankbarkeit für ihre Rettung möchte das Mädchen Natsukis fehlendes Bein ersetzen. Sie entpuppt sich aber auch als sehr menschenähnlicher Roboter und sie hat einen Befehl ihres alten Meisters erhalten, den sie unbedingt erfüllen muss …