In »ID: Invaded« existiert mit dem Mizuhanome-System eine hoch entwickelte Technologie, die es Menschen ermöglicht, in das Unterbewusstsein eines Kriminaltäters, auch als dessen »ID« bezeichnet, einzudringen. Die hoch spezialisierte Polizeieinheit Kura wurde mit der Aufgabe betraut, Serienmörder ausfindig zu machen, indem sie die komplexe Psyche der Menschen untersucht. Es gibt allerdings eine wichtige Regel bezüglich derjenigen, die die ID anderer Menschen betreten können: Sie selbst müssen einst einen anderen Menschen getötet haben. Bei dem ehemaligen Polizisten Akihito Narihisago ist dies der Fall, nachdem vor zwei Jahren seine Tochter auf brutalste Weise ermordet wurde und er daraufhin Rache gesucht hatte. Unter dem Avatar Sakaido unterstützt Akihito daher nun die Polizei bei ihren Untersuchungen, indem er die zersplitterten Fragmente aus Erinnerungen innerhalb der IDs zu einem Gesamtbild zusammensetzt. Er wird mit der Auflösung eines Mordes an dem jungen Mädchen Kaeru beauftragt, doch je eingehender er sich mit dem Fall beschäftigt, umso mehr beginnt sich Sakaidos Welt und alles, woran er glaubt, zu verändern.