Einst träumte Kafka Hibino davon, mit seiner Jugendfreundin Mina gemeinsam Jagd auf die gefährlichen Monster namens Kaiju zu machen, die seit einiger Zeit die ganze Welt terrorisieren. Doch während Mina sogar bis zur Anführerin der japanischen Defence Forces aufsteigt, hat Kafka nicht einmal die Aufnahmeprüfung geschafft und arbeitet stattdessen für eine Firma, deren Aufgabe es ist, nach dem Kampf die gewaltigen Kadaver wegzuschaffen.Eigentlich hat er sich damit abgefunden, mit seinem verhassten Job ein durchschnittliches Leben zu führen, doch als er seinem neuen Kollegen, Reno Ichikawa, begegnet, der jung und motiviert ist und zudem denselben Traum verfolgt, wie Kafka einst, gerät sein Entschluss ins Wanken. Durch eine Verkettung unglücklicher Umstände wird Kafka von einem Kaiju-Parasiten infiziert, der ihm besondere Fähigkeiten verleiht und sein ruhiges Leben für immer aus der Bahn wirft.